精子畸形指数高会导致不育,如果消除可不利因素(药物、放射线、高温、酒等),就应该针对病因进行治疗。由生殖道感染引起的患者,要进行抗炎治疗;如果是内分泌异常所致的患者,就要作出内分泌功能调整;对精索静脉曲张的患者,应考虑手术治疗,并且越早越好。
当精子畸形率超过70%的时候,就应进行染色体检查,如有染色体病,治疗会相对困难。另外还有一种方法可以解决因为精子畸形率高引起的不孕不育,那就是夫妻间人工授精,用裴尔科密度梯度离心法,可分离出活动力Ⅲ、Ⅳ级,形态正常的精子达90%,后行人工授精。
在中医看来,精子畸形的发生常常和肾有关系,因此,确诊后患者可以在医生咨询下服用相关补肾促精药物辅助治疗。

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